Bizkaitarra zen, Deustuan jaioa noski 1871ko apirilaren 3an. Donostiari oso lotua egon zen, ordea: bertan bizi izan zen urte luzez, eta bertan eman zuen azken arnasa. XX. mendeko euskal kulturaren handietako bat izan zen.
Deustuan, Jesusen Lagundiaren ikastetxean (1887) eta Salamancan (1892) egin zituen zuzenbide ikasketak. 1894an Bizenta Olazabalekin ezkondu zen Donibane Lohizunen, eta bertan jarri ziren bizi izatera, Urkixo-baita etxean.
Familia karlista batean jaio zen, eta gazte garaian Karlos VII.aren laguntzaile ibili zen. Pentsamoldez karlista izan zen beti, tradiziozalea oso. Bi aldiz hautatu zuten diputatu Madrilgo parlamentuan; 1903an eta 1931n. Azken horretan, Alderdi Tradizionalistako ordezkari izan arren, EAJrekin batera lan egin zuen Minoría Vasca izeneko taldean. Ezagutu zutenek idatzia utzi dutenez, bizitza txantxetan hartzeko umore fin baten jabe zen Urkixo; askotan esaten omen zuen bi karlista besterik ez zirela gelditzen munduan: bera eta Alfontso Karlos.
Urkixoren lanik garrantzitsuena bibliofilo gisa egindakoa izan zen. Euskal Herria bazterrik bazter korritu zuen euskal liburu zaharren bila; Europako hiri nagusienetan ere aritu zen langintza horretan.
1905ean Zarauzko frantziskotarren komentuan Joanes Etxeberri Sarakoaren eskuizkribuak aurkitu zituen, eta bi urteren buruan argitaratu zituen. 1907an Revista Internacional de Estudios Vascos sortu zuen, ordurarte sakabanatuta eta oinarri zientifiko argirik gabe zeuden euskal ikerketei oinarri sendoa jarriaz. Ezin konta halako argitarapenak kaleratu zituen euskal klasikoen testuez: Etxepare, Axular, Tartas, Sauguis, J.M. Zabala, Añibarro, Oihenart... Baita ere, Ebangelioa San Mateoren arabera argitaratu zuen erronkarieraz, Mariano Mendigatxa bidangoztarrak egindako itzulpena.
Idatzi ere asko egin zuen; epistolario ikaragarria dauka, jaso eta idatzitako gutunen artean. Liburuetan bere lanik garrantzitsuenetakoak dira, besteak beste, El refranero vasco. Los refranes de Garibay (1919) eta Un juicio sujeto a revisión: Menendez Pelayo y los Caballeritos de Acoitia (1925). Ale harrigarriagorik ere badauka Urkixok: 1889an liburutxo bat argitaratu zuen Volapuk izeneko hizkuntza artifizialean idatzia (gaur egungo esperantoaren antzekoa).
Euskaltzaindia sortu zutenetako bat izan zen 1918an. Baita ere, Real Academia de la Historia (1909) eta Real Academia de la Lengua Españolako kide (1927) izan zen. Sariak, omenaldiak eta doctor honoris causa izendapenak asko jaso zituen bere bizitzan. Gerra zibilaren etenaren ondoren, 1943an Real Sociedad Vascongada de Amigos del País erakundeko lehendakari izendatu zuten, eta 1949an Gipuzkoako seme kutun.
Hil aurretik bere liburutegia Gipuzkoako Foru Aldundiak erosi zion, eta gaur egun Koldo Mitxelena Kulturunean gordetzen da osorik.
Behin galdetu omen zioten ba ote zeukan bere liburutegiaren asegurorik. Ezetz erantzun zuen: liburutegiak su hartuz gero, bere burua sutara botako zuela! Paper zaharren artean, jolasa eta trufa maite zituen Urkixok. Beste behin, iseka gaiztoko aurpegiz etorri zen Eusko Ikaskuntzako bulegora: Estornestarrek argitaratutako El Genio de Navarra liburuko mapa batean "Mer de Basque"-ren ordez "Merde Basque" irakurtzen zela aurkitua zuen.
Bere bizitzaren pasadizo ezezaguna da 1904ko San Sebastian aldizkariak (10. alea) kontatzen duena. Uztailaren 24an Donostiako zezen plazan tigrea eta zezena izan omen ziren jendaurreko borrokan. Bi zauritu gertatu ziren: W.E. Levistogne amerikarra eta... Julio Urkixo!
Donostiako bere etxean hil zen 1950eko urriaren 30ean, hirurogeita hemeretzi urte zituela.